home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Libris Britannia 4 / science library(b).zip / science library(b) / BIOLOGY / STAGES14.ZIP / STAGES.DOC < prev    next >
Text File  |  1992-08-06  |  4KB  |  118 lines
  1. Stage Predictor Program
  2. Latest revision:  AUGUST 1991           Version: V1.4
  3.  
  4. Direct correspondence to:
  5.     Dr. Rex A. Hess
  6.     Veterinary Biosciences
  7.     University of Illinois at Urbana-Champaign
  8.     2001 S. Lincoln Avenue
  9.     Urbana, IL  61801
  10.     
  11.     Phone:  217/333-8933 or 333-2506
  12.       FAX:    217/333-4628 or e-mail: r-hess@uiuc.edu
  13.  
  14. Program written by:
  15.     Paul P. Chen
  16.     Coordinated Science Laboratory
  17.     University of Illinois at Urbana-Champaign
  18.     Urbana, IL  61801
  19.  
  20.         Stages was created using Turbo C, copyright Borland 1987, 1988.
  21.  
  22. Description:
  23.     Given a list of initial cells of observation, the program
  24.     calculates, for any given number of days, the cells reached
  25.     from the first third, second third, and end of each initial
  26.     cell's stage.
  27.  
  28.     To determine in what stage a cell was x days ago,
  29.     use -x days (negative number of days) as input;
  30.     to determine in what stage a cell will be x days hence,
  31.     use x days (positive number of days) as input.
  32.  
  33. I.  Required input files:
  34.         The program requires the following 5 input files for each animal.
  35.  
  36.     1/  Stage information file format:
  37.               (example: "sdrat.stg")
  38.         This file contains information about the stages of the
  39.         cycle of spermatogenesis for the particular animal.
  40.           
  41.          cycletime                   (in units of days)
  42.         number of stages        (integer)
  43.         length of stage 1           (in % of cycletime)
  44.         length of stage 2           (in % of cycletime)
  45.         ...                             ...
  46.         length of stage n           (last stage)
  47.         epididymis transit time      (in units of days)
  48.  
  49.     2/  Cell sequence file format:
  50.               (example: "sdrat.seq")
  51.         This file contains a sequential list of all the cell names
  52.         in the cycle of spermatogenesis for the particular animal.
  53.  
  54.             cellname            (text)
  55.         cellname            (text)
  56.         cellname            (text)
  57.                 ... etc.
  58.  
  59.     3/  Stage/Cell association printout file:
  60.           (example: "sdrat.fil")
  61.         This file contains the formatted text of cellular associations
  62.         within stages; this file gets printed out verbatim whenever
  63.             the user requests to see the "cell sequence data."
  64.  
  65.     4/  Multi-cell file format:
  66.           (example: "sdrat.mcl")
  67.         This file contains a table of cells for stages in which more
  68.         than one cell may exist.  For example, in the Sprague-Dawley
  69.         rat, cells I-4 and B-4 can both be found in Stage 4.  I-4
  70.         cells are typically found in the first 2/3 or so of the stage;
  71.         B-4 cells may be found in the latter 1/3 of the stage.  The
  72.         format of this file groups cells of the same stage in rows;
  73.         there are 3 cells in each row, corresponding to what cell
  74.         type is found in the first 1/3, the second 1/3, and the third
  75.         1/3 of the stage.
  76.  
  77.           Example:  sdrat.mcl
  78.  
  79.           3            (# of multicell stages: integer, required)
  80.           I-4    I-4    B-4
  81.           B-6    B-6    PL-6
  82.           M1-14    SS-14    M2-14
  83.  
  84. II.  Input may be interactive or batch mode, using input from a batch file.
  85.           1)  In interactive mode, Stages is menu-oriented.  The user
  86.         simply types responses to questions from menus, thereby
  87.         selecting choices from menus and moving among the menus.
  88.  
  89.       2)  A batch file has the following format:
  90.         (example: "sdrat.bat")
  91.  
  92.         initcell (string)    days
  93.         initcell (string)    days
  94.                 ... etc.
  95.  
  96.     See "IV.  Running the Program" on using batch input files 
  97.     to the program.
  98.  
  99. III.  Output can be directed to the file <stages.out> or to a line
  100.     printer, using one of the options in the General Menu.
  101.  
  102.  
  103. IV.  Running the program:
  104.  
  105.     -------------------------------------------------------------
  106.                                   program uses
  107.          mode:        you type:        input from:
  108.     -------------------------------------------------------------
  109.       interactive             stages             terminal
  110.     
  111.          batch          stages <file>          <file>
  112.     -------------------------------------------------------------
  113.  
  114.     If a specified input file does not exist,
  115.     the program will ask the user to re-enter the name of the
  116.     file, or to simply hit <return> if the user has decided
  117.     not to use input from a file.
  118.